1622年，荷屬東印度公司佔領了澎湖，以之作為東亞貿易的轉口基地。1623年，荷蘭人在一「鯤鯓」建立一座簡單的據點，這就是安平古堡的前身。
1624年，在與中國明朝的軍隊激戰了八個月以後，荷蘭人和中國官方達成協議，同意把設置於澎湖的要塞和砲台毀壞，而於1624年轉移至臺灣島，中國則不干涉荷蘭對臺灣的佔領。荷蘭東印度公司轉進至不受明朝政府管轄的福爾摩沙大員（今臺南市安平區），設立貿易據點，建立台灣史上第一個統治政權。明帝國對於荷蘭人佔領臺灣並無異議，因為臺灣並非其所認為的領土。[2][3]
根據中央研究院院士杜正勝與曹永和的研究：「台灣不只明朝不管，甚至也不屬任何國家管轄，所以走私船早在當時就在基隆、安平與淡水會合明朝、日本與西班牙、葡萄牙與荷蘭的商船。...根據荷蘭史料，當時東印度公司指揮官萊爾森於1622年到福州談判，明朝官員為了勸誘他們撤出澎湖，建議他們到澎湖以東，一座不屬於明朝的島嶼，也就是台灣，間接同意明朝船隻到大員（今安平）與之通商。...當時明朝官員向萊爾森說：「你不知道大員怎麼去，我們派船帶你去」。這段史料，顯見明朝福建官員知道台灣，卻不把台灣當作屬地。而同樣年代，明代的史料記載的是，官員軟硬兼施，並請海商李旦居中協調，荷蘭的新任長官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘熱蘭遮城號商船，來到大員上岸，宋克也成為荷蘭建立台灣政權的首任長官，他也在大員建立熱蘭遮城。」[4]
荷蘭人佔臺以後，在原來的砦城舊城址上，以荷蘭執政的門閥「奧倫治」（Orange）為名，重新興建規模宏大的城堡「奧倫治城」（Orange），1627年以荷蘭行省名澤蘭省（或譯熱蘭省）改建命名為「熱蘭遮城」（Zeelandia），至1632年始完成首期堡底工程。當時，這座城堡是荷蘭人統治臺灣全島和對外貿易的總樞紐。
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